Desmembrado de Bagé, o povoamento surgiu com o contrabando. Um espanhol, Pedro Ansuateguy, apelidado de Dom Pedrito, organizava esta atividade ilegal, abrindo picadas que deram origem a estradas, daí surgiu o nome do município.
O povoamento da região sede iniciou em 1800, emancipando-se em 1872. Inicialmente, denominou-se N. Sra. do Patrocínio de Dom Pedrito; posteriormente, passou a chamar-se somente Dom Pedrito. A partir de 1888, a sede foi elevada à categoria de cidade.
Esta região foi duramente atingida por três conflitos armados, Revolução Farroupilha, Revolução Federalista de 1893 e pela Revolução de 1923. O Tratado de Paz da Revolução Farroupilha ocorreu em Ponche Verde (Dom Pedrito), o que levou a cidade a ter a denominação de Capital da Paz.
Após a Revolução de 1923 o progresso tomou grande impulso na zona, principalmente nos setores de criação de gado e triticultura. Dom Pedrito sempre manteve sua área geográfica desde sua emancipação, não tendo dado origem a nenhum outro município.
No final do século XX houve grande impulso na orizicultura no município. No início do século XXI iniciou-se o plantio de uvas para a elaboração industrial de vinho.